לפי מסורת חז"ל [ילקוט שמעוני מלכים תקנ] יונה הנביא הוא בנה של אשה אלמנה ממקום בארץ ישראל הנקרא 'צרפת', שהחיה אליהו הנביא [מלכים א יז, ט].
מוצאו מעיר בשם 'גת החפר' [מלכים ב יד, כה], ראה לעיל, משהד, זיהוי האתר ותולדותיו.
היה תלמידו של אלישע הנביא ורבו של יהוא [סדר הדורות].
מקור כוחו של יונה הוא מכוחו של אליהו הנביא. אליהו עלה בסערה השמימה, ויונה ירד למטה, למעמקי הים. זה ביקש נפשו למות, וזה ביקש נפשו למות. באליהו נאמר [מלכים א יז, כד]: 'ודבר ה' בפיך אמת', על כן נקרא יונה – 'בן אמיתי' [זוהר ח"ב קצז, א].
בגמרא בעירובין [צו, א] מסופר על אשתו שהיתה עולה לרגל.
 
אמרותיו
ספרו הוא החמישי בתרי עשר. בספר מסופר על השליחות שהוטלה עליו – ללכת לנינוה ולהודיע לתושביה שחורבנה קרב בשל מעשיהם הרעים. יונה ניסה להתחמק מן השליחות, וירד לספינה המפליגה לתרשיש, אבל הים סער עליו מחמת בריחתו מה' יתברך, ולאחר שהופל גורל בין יורדי האניה נפל הגורל עליו והשליכוהו אל המים. אחרי שניצל על ידי דג גדול, שהוכן עבורו על ידי ההשגחה העליונה, הלך למלא את שליחותו. לפי הזוהר [ח"ב רל, ב] התגיירו כל נוסעי הספינה כאשר ראו את הניסים שעשה הקב"ה ליונה בים, ולא זו בלבד, אלא שהיו לחכמים גדולים בתורה.
ספר יונה יש בו מוסר השכל נפלא על השגחתו האלוקית של הבורא בעולמו, וכוחה של התשובה אשר בזכותה ניצל האדם מן העונש המוכן לו. בהיותו במעי הדג התפלל יונה אל ה', וכך אמר: "קראתי מצרה לי אל ה', ויענני, מבטן שאול שועתי, שמעת קולי… אפפוני מים עד נפש, תהום יסובבני… בהתעטף עלי נפשי את ה' זכרתי" [יונה פרק ב].
 
עולי הרגל ומקורות
מקום[1] מנוחתו[2] במשהד[3]. אמנם, חלק מעולי הרגל ציינו את קברו בכפר כנא, אך נראה שעשו זאת מפאת שכפר כנא היה גדול וידוע יותר ממשהד וגם שהתייחסו לתל שעליו נמצאת משהד כאל כפר כנא:
"קבר יונה בן אמיתי בכפר כנה, ועליו נבנה בית תפלה לאינם יהודים, והרבה גינות ופירות, ומודים שבזכותו גדלין הפירות. ועליו ב' כיפות". [סדר הדורות בשם גלילות ארץ ישראל, כת"י ב' של איגרת הקודש[4]]
"ומשם [מסכנין] הלכנו לכפר קינא, שם יונה בן אמיתי[5] ועליו בנין נאה, בית תפלה לישמעאלים". [תוצאות ארץ ישראל]
"מציפורי הולכים לגת החפר, היום משהד, היא עיר מולדת יונה בן אמתי הנביא… גת החפר איננו מקום חשוב, ומיושב רק מאיזה מושלמנים דלים. משם באים לכפר קנה, ושם קבר יונה בן אמיתי. הערבים בנו מסגד יפה על קבר הנביא הזה". [שבילי דירושלים]
"כפר כנה, היא גת החפר, שם יונה קבור ועליו כיפה גדולה, ושם מתפללים הישמעאלים". [כת"י אילן א']
"כפר כינה היא גת החפר, שם קבורת יונה בן אמיתי עליו השלום, ועליו ציון נאה, אבני גזית, עשוי כעין מערה, והישמעאלים שומרים אותו בטהרה". [כת"י מוסקבה]
"הלכתי לקבר יונה בן אמיתי הנביא, שהוא רחוק מכפר (כיט) [כנא] מיל, והוא על ראש הר גבוה בכפר אחר. ובית גדול ומכובד בנוי על ציונו והוא ביד הישמעאלים" [רבי משה באסולה]
"כפר כינא, שם קבור יונה בן אמיתי בראש ההר, בכנסיה של גויים, בכיפה יפה". [איגרת יחוס האבות מאלמוני]
"כפר כנה, שם קבורת יונה בן אמיתי בראש ההר, ועליו שתי כיפות". [יחוס הצדיקים]
"כפר כנה שם ב' כיפות, קבורים בהם יונה בן אמיתי". [איגרת מספרת יחסותא דצדיקייא]
"משאד [משהד] היא על ראש הר, שם חדר יפה וגדול ובו חדרים אחדים ומגדל עליהם, בחדר הזה קבור יונה בן אמיתי". [ידי משה]
"כפר כנה, קרוב לו הר גבוה ובראשו קבר יונה בן אמיתי הנביא". [שערי ירושלים; מבשרת ציון; טוב ירושלים]
 
גדולים צדיקים במיתתם
ניסים ונפלאות על קברי הצדיקים
"שר אחד מושלמני שונא ישראל ישב לפנים בכפר כנה, ויהי היום ויצא מארמונו מלא מחשבות רעות על ישראל, ובעברו על יד קבר הנביא ראה איש חמוש בנשק ומראהו נורא ניצב לקראתו. וימהר השר ויפול לרגליו כמו לפני שופטהו, ויקרא: אדוני יונה, אתה הוא האיש המזוין, למה תפחידני? ויענהו: אני הנני יונה בעצמי, ואבא לחשוך אותך מהרע לעמי. המחזה הזה פעל הרבה על רוחו, מלבד שלא הוסיף עוד להרע לישראל הנה נהפך לאוהבם הכי גדול". [שבילי דירושלים]
"והיכל יפה בנוי עליו, ויש אצלו פרדס וכל מיני פירות שם, ושומר הפרדס הוא גוי. כשבאו גויים שם אין נותן להם מאומה מן הפירות, וכשהיהודים באים לשם מקבלם בסבר פנים יפות, ואומר להם: יונה בן אמיתי יהודי היה, לכך ראוי לכם משלו, ומאכיל את היהודים". [סיבוב ר' פתחיה מרגנשבורג]
 
מיקום וזיהוי הקבר
ע"פ עולי הרגל קברו של הנביא הינו על ראש ההר בבנין נאה עם שתי כיפות המשמש כמסגד, חדר בנוי כמערה. אכן למרגלות התל, בתחום הכפר משהד של היום (בתוך בנין מתחם מסגד הכפר) – בנין קבר יונה הנביא (נבי יוניס), מסגד ישן בעל שתי כיפות לבנות וחדרים נספחים, הבנוי בחלקו מפריטי בנייה עתיקים. הקבר עצמו, על פי המסורת המקומית, נמצא במערת כוכים קטנה בתוך המתחם. בקיר הדרומי כעין אשנב שדרכו יורדים למערה. במערה קיר כעין משקוף מאבני גזית גדולות – שרידי הבנין הקדום. נוסף לזה, בחלק של הקיר הדרומי לצד אולם המסגד בתוך הקיר ארון מתים. בחצר ובקירות הבניין מבחוץ – כמה אבנים, שעליהן שרידי כתובות בארמית. כיום נבנה מבנה גדול ע"ג המסגד והקבר, והציון בחדר הפנימי.