עדויות וודאיות על קיומה של קהילה יהודית בווינה קיימות רק מהמאה ה-12, כשהקהילה החזיקה בשני בתי כנסת, גבתה מס מחבריה – וסבלה מפרעות. באותה מאה גדל היישוב היהודי בווינה עם קליטתם של מתיישבים יהודים מבוואריה ומארץ הריין.
בשנת 1204 נבנה בווינה בית הכנסת הראשון שמופיע בתיעוד. בתקופה זו זכו היהודים לפריחה דתית, ובשל כך התיישבה בווינה קבוצה של מספר רבנים מחכמי אשכנז, אשר כונו "חכמי וינה" או "גדולי אסטרייך" (אוסטריה). הקבוצה ייסדה בווינה בית מדרש שהיה לגדול בתי המדרש באשכנז באותם ימים.
בשנת 1420 הקיסר אלברכט החמישי פקד לאסור את כל יהודי אוסטריה. 210 יהודים הועלו על המוקד בפומבי והשאר גורשו מאוסטריה בחוסר כל.
היהודים נרדפו באוסטריה עוד לפני סיפוחה לגרמניה הנאצית ב-1938 (ה"אנשלוס"). חלקם ברחו מוינה כבר אז. ביניהם הייתה למשל משפחת ז'ינייבסקי, אשר שניים מבניה היו לאחר מכן מראשי הרזיסטנס היהודי בצרפת – איתן גינת (אוטו ז'ינייבסקי) ופול ז'ינייבסקי.
עם זאת, משהחל ה"אנשלוס" חיו בווינה עדיין 167,249 יהודים (כעשירית מהאוכלוסייה). תוך זמן קצר, החליטו מרביתם, כ-100,000 איש להגר מחוץ למדינה. הנשארים שלא הזדרזו לברוח נספו כמעט כולם בשואה.וינה כיום (2009) היא מרכז היהדות הגדול ביותר באוסטריה, ופועלים בו בית כנסת מרכזי, בתי כנסת קטנים, בית אבות, מוזיאון יהודי שהוקם בשנת 1993 ובו אנדרטה לקורבנות השואה ומוסדות קהילה שונים. בווינה ישנם זרמים יהודים רבים,בקהילה פועלים מוסדות חינוך ובתי כנסת . הקהילה מונה בעיקר יהודים ממזרח אירופה שהתיישבו בווינה לאחר מלחמת העולם השנייה (יהודים יוצאי רומניה, פולין, סלובקיה, הונגריה, גאורגיה, בוכרה, אירן), וכן מיעוט קטן של יהודים מקומיים ששרדו את השואה וצאצאיהם נותרו באוסטריה או חזרו אליה.

צדיקים הטמונים שם:
1. רבי חיים אליעזר אשכנזי זיע"א בעל אור זרוע בבית מרקחת מגביל לביהכנ"ס אהל משה
 
2. בה"ק העתיק ב –  SEE GASSE 9 בחצר בית חולים
הדג  הקדוש – ר' שבתי שעפטל בן של של"ה ר' יעקב ספרא דצניעותא – נזר קודש –  חכמת מנוח –  – ר' אברהם ב"ר בינימין זאב ר' אברהם חיים ב"ר אברהם – ר' אברהם חיים ב"ר אברהם פלק – ר' אברהם פלש – ר' אברהם קלויזנר רבו של המהר"ל ר' אהרון לודרנה – ר' שמשון וורטהיימר – ר' יצחק אייזיק טירנא – ר' איסרל ב"ר מרדכי ויען – ר' אלעזר חלפן – ר' בינימין הלץ ב"ר משולם – ר' בינימין וולף ב"ר משולם – ר' גרשון – ר' חיים ב"ר דוד הסופר – ר' יהוד ליב אפרים ב"ר חיים זנצהיים – ר' יהודה לייב ב"ר משה מאיר – ר' יום טוב ב"ר אורי אוירבך – ר' יוסף יוזל – ר' יחיאל מיכל ב"ר אשר למל – ר' יקותיאל קופמן

ביה"ק וורינג קברי צדיקים
 ר' יעקב אבי סבו של ר' יעקב עבדין – ר' יצחק ב"ר אליהו חלפן – ר' לייב רופא – ר' מאיר ב"ר ברוך הלוי רבו של מהרי"ל – ר' מנדל הלוי איטיגנה – ר' מנחם מאן – ר' משה ב"ר יהושוע – ר' משה בן גמליאל – ר' משה חנוכח – ר' משה – ר' משולם זלמן פישהוף – ר' ניסים גוטמן – ר' פיביש – ר' צבי הירש ב"ר שמשון טיקפירר – ר' ראובן הרופא – ר' שלמה – ר' שמאול פיביש ב"ר אהרון  משה תאומים – ר' שמעון דרשן – ר' שניאור ב"ר אליהו הכהן –ר' מאיר אלמאשרער חותן בעל מנוחת אשר – ר' דוד טעבלי חתן המהרש"ל –ר' יוסף ענגאל מח"ס אוצרות יוסף  
 
3. בה"ק החדש
ר' ישראל מטשורטקוב – רב יצחק מאיר מקאפיטשניץ – רבי מרדכי חזן ממונוסטרישטש נשרף  על קד"ה וקבר שלו מימין לאוהל האדמו"ר מצורטקוב
אתוון דאורייתא  אדמו"ר סקאליר – רב מאיר מאוזדזאהן – ר' אברהם הלוי – ר' אהרון מלכיש
הרבי מבויאן הקודם – פחד יצחק נכדי רוזין
רבי ברוך דוב טווערסקי בן של ההורונסטפייל-ר' אהרון הלוי "צוואת מהר"ל" בנו של ר' נח נפתלי  נכד ר' משה מקוברין