היהודים הראשונים שהתיישבו בגיברלטר היו יהודים צאצאים ליהודים שהיו בגירוש ספרד ושהתגוררו בבריטניה. מסמך מ-1356 מראה שהקהילה הגישה בקשה לתשלום כופר לחילות יהודים שנתפסו על ידי שודדי ים. מסמך נוסף מספר כי מספר היהודים האנוסים שנסו מרדיפות באנדלוסיה ובקשו להתיישב בגיברלטר היה 1,473. בשנת 1713, בחוזה אוטרכט, קיבלה לידיה בריטניה את גיברלטר כמושבת כתר בריטית ובין הסעיפים נרשם כי ישנו איסור חמור על מכירת נכסי מקרקעין ליהודים או למוסלמים. הבריטים שישבו במקום העלימו עין מאיסור זה בשל הצורך המעשי לקיים קשרי מסחר עם מרוקו. ספרד נהגה להטיל הסגר על העיר ולכן האספקה לחיל המצב הבריטי היתה תלויה במרוקו. הסוחרים היהודים במרוקו קבלו על עצמם את העברת האספקה לצבא הבריטי ולאזרחי המושבה וכך הפכו לתושבי המקום. וכך משנת 1704 יש נוכחות רצופה של יהודים בעיר. בשנת 1749 הוסרו המגבלות החוקיות על ההתיישבות היהודית בעיר. בית הכנסת הראשון בעיר הוקם בשנת 1724. בשנת 1749 הגיע מלונדון רבה הראשון של המושבה, הרב אייזק נייטו והקים את קהילת "שער השמים" – את בית הכנסת העתיק של העיר הנושא שם זה. מלבדו הוקם בשנת 1781 בית הכנסת "נפוצות יהודה" – אחד מבתי הכנסת היפים ובעל עושר הקישוטים הגדול ביותר בעיר. באותה שנה הוקם גם בית הכנסת "עץ חיים" ובשנת 1820 בית הכנסת "אבודרהם", וכן קיים בית-כנסת לצעירים הפועל בבניין בית-הספר הקהילתי. אז גם נוסד בית-הקברות העתיק של הקהילה, במעלה הצוק, במקום הנקרא עד היום "שער היהודים". כיום אין קוברים בבית-קברות זה, אלא בבית-הקברות החדש, ליד שדה התעופה. הקהילה היהודית צמחה עד שבסוף המאה ה-18 נפוצה שמועה כי ספרד תכבוש את השטח מידי בריטניה ולכן רבים עזבו את גיברלטר לאיטליה, אנגליה, הולנד ומדינות נוספות. במהלך המאה ה-19 זכתה הקהילה לשגשוג וצמיחה והיא רק גדלה לאורך השנים. בין האישים הידועים בתקופה זו היו הרב יהודה ביבאס שנולד בה וכיהן בה כראש ישיבה, והרב יוסף קובו (השמיני) שהיה רב הקהילה (נפטר בשנת ה'תר"ג 1843).
במהלך מלחמת העולם השנייה בריטניה הצליחה לשמור על גיברלטר, ומשום כך השואה פסחה על יהודי גיברלטר, אך הפינוי הגדול של תושבי גיברלטר – על ידי הצבא הבריטי, שנזקק לבתים – לא פסח על הקהילה היהודית. חלק גדול מהמפונים העדיף שלא לחזור, והדבר הקטין מאוד את הקהילה היהודית.
צדיקים הטמונים בו:
במהלך מלחמת העולם השנייה בריטניה הצליחה לשמור על גיברלטר, ומשום כך השואה פסחה על יהודי גיברלטר, אך הפינוי הגדול של תושבי גיברלטר – על ידי הצבא הבריטי, שנזקק לבתים – לא פסח על הקהילה היהודית. חלק גדול מהמפונים העדיף שלא לחזור, והדבר הקטין מאוד את הקהילה היהודית.