שרידי כפר חנניה נסקרו יחסית היטב, ואף נערכו ביישוב חפירות, אך העדות האפיגראפית (כתובת חרותה) החשובה ביותר בעניינו נמצאה דווקא מחוץ ליישוב – בכפר מכר שבגליל המערבי. מדובר בכתובת ארמית מתקופת המשנה והתלמוד, שנחרתה על כלילה [=מתקן עגול שמחזיק נרות שמן למאור] ממתכת עם תושבות לנרות זכוכית של שמן. נראה שהכלילה שימשה כנברשת בבית כנסת עתיק. בכתובת נאמר: "[ה]דן כלילה… לאתרה קדישה דכפר חנניה… דכירין לטב… אמן סלה שלום" – מכאן נראה שמקורה בבית הכנסת של כפר חנניה.
בתחומי הכפר יש כנראה שרידים של שני בתי כנסת[1]: מהראשון נותר רק המתאר החצוב בסלע (מוזכר על ידי כמה מן הנוסעים היהודים כאחד מבתי הכנסת שנבנו על ידי רשב"י)[2], והשני, זה שבמערב הכפר, שימש את יהודי המקום בימי הביניים (על פי הצעתו של צ. אילן). ליד בית הכנסת השני קיימת בריכה מטוייחת, שאולי שימשה בעבר כמקווה טהרה.
בכפר אותרו גם בריכות מים ואגירה רבות יחסית, אמת מים (זו המוזכרת אצל ר' משה באסולה) ויסודות רבים של מבנים עתיקים, אך אין ספק שהתרומה הנכבדה ביותר למחקר הארכיאולוגי של הגליל נעשתה על ידי גילוי בית היוצר של קדרי כפר חנניה מסוף תקופת הבית השני ומתקופת המשנה והתלמוד – מפעל שסיפק לגליל היהודי (וכן ליישובים הנוכריים ולאלו שמחוץ לגליל) את רוב כלי הבישול במשך כחמש מאות שנה ברציפות. בית היוצר נתגלה באקראי בסוף שנות השבעים של המאה הכ', בזמן הכשרת כביש עמיעד-כפר חנניה. במהלך העבודות החלו להיחשף בחתך הכביש החדש, בתחומי האתר העתיק, שרידים של מאות שברי כלי חרס, שהיו למעשה פסולת יצור של בית היוצר. בחפירות שנערכו באתר בשנות השמונים ובראשית שנות התשעים חשף פרופ' דוד אדן-ביוביץ והמשלחת הארכיאולוגית שבראשה עמד, את שרידי בית היוצר עצמו, והשלים מחקר השוואתי של כל כלי החרס שנוצרו במקום[3]. באמצעות מחקר זה ניתן היה, לראשונה, להשתמש בכלי חרס אלה כאמצעי תיארוך אמין בחפירות ארכיאולוגיות רבות שנערכו בעבר, ועדיין נערכות, ברחבי הגליל, מפני שכמעט בכל ישובי הגליל והגולן מתגלים כלי החרס ששווקו בכפר חנניה. בית היוצר וגם חלק מפסולת הייצור שלו, חשופים עדיין בשטח, בסמוך לכביש הראשי, וניתן גם היום (שנת תשס"ח) לבקר ולהתרשם מממצא תלמודי מעניין זה. יש לציין שלאחר מכן נתגלה גם המרכז השני בחשיבותו לייצור כלי חרס – 'שיחין', ליד ציפורי.
בשולי הכפר מכל צדדיו ובסביבתו מערות קבורה ומתקנים חצובים בסלע. בראש ההר בית קברות עם מערות קבורה, וחצר הקבר להספד. שדה קבורה אחר נמצא ממזרח לכפר, ושדה קבורה נוסף נמצא ממערב לכפר, מעבר לנחל פרוד, בשיפוליה הדרומיים של גבעת באר שבע הגלילית, ודרומה עד לשולי הכביש הראשי. אפשר שאלו הן מערות קבורה של תושבי באר שבע ולא של תושבי כפר חנניה. לדרום מזרח הכפר, מעבר לנחל, נמצאת מכלאה בנויה ע"ג מערת קבורה עם חצר.
קברי אבא חלפתא ובניו במישור מדרום לכפר (ראה להלן) מוכרים זה מאות בשנים, גם בזכות אלון התבור העתיק (גילו 500 שנה לפחות) הצומח לידם, אחד היפים והשמורים בארץ ישראל[4].
תוך כדי הכשרת כביש עמיעד-פרוד נתגלה עוד ארון קבורה עם מכסה גמלוני שצולם ותועד ע"י צבי אילן, ונשדד במהלך העבודות.
צדיקים הטמונים בו :
אבא חלפתא (אשתו ותלמידיו)
רבי יוסי בן חלפתא
(רבי שמעון בן חלפתא[1])
רבי אליעזר בן יעקב קב ונקי (ובית דינו)
רבי יעקב אביו של רבי אליעזר קב ונקי
ר' יעקב איש כפר חנניה
רבי חנניא בן עקשיא (אשתו ותלמידיו)
רבי זכריה בן הקצב (ותלמידיו)
אבא חלפתא:
מצומת חנניה הנמצא במפגש כביש 85 וכביש 866 פונים בכביש 85 לכיוון צומת עמיעד (מזרחה). לאחר כ-1.2 ק"מ פונים בצומת חלפתא ימינה לכביש 806. לבאים מדרום או ממזרח, נוסעים בכביש 85 מצומת נחל עמוד עד לפניה שמאלה [אחרי השילוט מימין על הקברים של כפר ענן] לכביש 806. כ-150 מטר אחרי הפניה נראה לימין הכביש חצר מוקפת גדר ובה שתי מצבות בצל אילן אלון, אלה המצבות של ר' חלפתא, אשתו ובנו ר' יוסי.
רבי אליעזר בן יעקב:
מציון אבא חלפתא הנזכר לעיל, חוזרים לכביש 85 (צפונה) ופונים ימינה. לאחר כ-350 מטר מהפניה נראה משמאל לכביש אילן גדול ותחתיו מבנה קטן מוקף בחצר. במבנה יש מדרגות היורדות למערת ר' אליעזר בן יעקב.
רבי יעקב אביו של ראב"י:
ממערת רבי אליעזר בן יעקב ממשיכים עם השביל העולה (מערבה), ולאחר כ-30 מטר [60 אמה] מימין לשביל מתחת לעץ נמוך, בתוך גל אבנים, פתח למערת קבורה אשר שם מנוחת ר' יעקב אבי ראב"י.
רבי חנניה בן עקשיא :
ממשיכים עם השביל עוד כ-30 מטר ומגיעים למערת ר' חנניה בן עקשיא.
רבי זכריה בן הקצב:
במפלס אחד מעל מערת ר' אליעזר ב"י נמצאות מערות קבורה, רובם סתומות בבטון. הראשונה שמעליה היא מערת העצמות הנזכרת אצל עולי הרגל, ועד היום פזורים בתוכה עצמות רבות. מימין ומשמאל לה בסמוך, ישנם עוד מספר מערות שאחת מהן היא מערת ר' זכריה בן הקצב. כל האזור הזה הינו בית הקברות העתיק של כפר ענן, וחלק נוסף ממנו נמצא בראש ההר, שם יש גם את חצר הקבר ומקום ההספדים כנזכר בתלמוד
כפר חנניה הוא יישוב יהודי חקלאי עתיק, שאזכורו התכוף בספרות היהודית החל מתקופת המשנה וכן הממצאים הארכיאולוגיים שבו מעידים על חשיבותו. היישוב ניצב על פרשת דרכים חשובה בין דרכי רוחב ואורך, על גבול הגליל העליון והתחתון.
הצג את קברי צדיקים בגליל במפה גדולה יותר