שדה הקבורה הגדול של חוקוק משתרע ממזרח, מדרום ומצפון ליישוב, ובו בולטים בעיקר עשרות קברי ארגז חצובים ומערות. אורכם של קברי הארגז הוא בדרך כלל כ-2 מטרים, אורך המתאים לקבורת נפטרים מבוגרים, אך לעיתים אורכם 0.7 מטר בלבד – אולי לילדים, או לקבורה משנית של עצמות מתים. בזמן בניית המוביל הארצי מצפון ליישוב נפגעו ונחשפו שרידים קטועים מעשרים מערות קבורה, שרק חלקן הקטן נחפר. שלושה קברים תוארכו לתקופת הברונזה הקדומה, ונתגלו בהם קנקנים שלמים וכלי אבן פולחני מבזלת. שנים תוארכו לתקופת הבית הראשון (ממלכת ישראל), ועוד מערות רבות יחסית לתקופת הבית השני והמשנה. מתוך אלה האחרונות נחפרו ותועדו שלוש מערות כוכים, בהן נתגלו שלוש גלוסקמאות, כלי זכוכית, מטבעות[1] וכלי חרס רבים. הממצא מתארך את הקבורה במערות אלה למאות א'-ג' לסה"נ, כלומר – סוף תקופת הבית השני ותקופת המשנה.

קבר חבקוק הנביא:
המקום נמצא בסמוך לכביש 65 (צומת נחל עמוד – צומת גולני)
לבאים מהצפון: כ-2.2 ק"מ מצומת נחל עמוד, פונים ימינה.
לבאים מהדרום: כ-4 ק"מ מצומת נחל צלמון צפון, פונים שמאלה.
פונים מכביש 65 לדרך גישה המגיעה לחניון שע"י ציון חבקוק הנביא.

רבינו בחיי בר אשר אבן חלאווה:
מציון חבקוק הנביא ממשיכים צעדים ספורים דרומה [יש לעבור את הגדר] עד סמוך לתואי המוביל הארצי למערת רבינו בחיי.
 

אין אנו יודעים עד מתי התקיים היישוב היהודי באתר, ותולדותיו בימי הביניים מעורפלים. החל מן המאה הי"א לסה"נ מזכירים הנוסעים היהודים תכופות את חוקוק בהקשר לקבר חבקוק הנביא, שזוהה באזור זה משך מאות בשנים, אך אלה אינם מזכירים במפורש קהילה יהודית ביישוב. רמז לקהילה יהודית נמצא בשותי"ם של חכמי צפת מסוף המאה הט"ז לסה"נ, הרב משה גאלנטי ומהרי"ט צהלון, המזכירים זקן מ'יעוק' שנהרג יחד עם הסוחר הנודד יצחק אלמירידי מעלמה.

הצג את קברי צדיקים בגליל במפה גדולה יותר