על פי המקרא ‚ היהודים הראשונים שהגיעו לאזור פרס היו חלק מבני עשרת השבטים שהוגלו לשם על ידי האשורים‚ לאחר חורבן ממלכת ישראל בשנת 772 לפנה"ס. גורלם של יהודים אלה אינו ידוע עד ימינו. בשנת 586 לפנה"ס‚ לאחר חורבן ממלכת יהודה‚ גל חדש של יהודים הוגלה לאזור פרס על ידי צבאות בבל. נראה‚ לפי המסורת היהודית‚ שהיהודים הקימו קהילות חזקות. דוגמה לכך ניתן למצוא במסורת שאיספהאן נקראה בעבר "יהודייה" ושהיא הוקמה על ידי גולי יהודה. אסמכתה נוספת לכך ניתן למצוא בתיאור של מגילת אסתר‚ שלפיו התקיימה בפרספוליס (שושן הבירה) קהילה יהודית שנהנתה משוויון זכויות. שינוי דרמטי במצבם של היהודים קרה בשנת 538 לפנה"ס כאשר התיר כורש מלך פרס ליהודים לחזור למולדתם. גם לאחר שיבת ציון נשארה קהילה יהודית בפרס.