אם כל בית ישראל בכל אתר ואתר ילמדו באותו יום את אותו דף גמרא, היש לך ביטוי מוחשי יותר לאיחוד העליון בין קודשא בריך הוא, אורייתא וישראל?!… נוסע לו יהודי ותחת בית שחיו מסכת ברכות, נוסע הוא שבועיים מישראל לארצות הברית…לבסוף, כשהוא עומד על אדמת ארצות הברית נכנס הוא לבית המדרש ומוצא יהודים עוסקים באותו דף שבו עמד היום ומצטרף ללומדים בחדווה, ומתפלפל עם הלומדים והם משיבים לו ונמצא שמו הגדול מתאדר מתגדל ומתקדש…

ישיבת חכמי לובלין:

בשנת 1924 מונה לרבה של פיוטרקוב. בפיוטרקוב זכה ר' מאיר להוציא לאור את ספרו- שו"ת 'אור המאיר', הכולל התכתבויות הלכתיות בין המחבר לבין רבני דורו, כגון החפץ חיים, הרב מאיר אריק, האדמו"ר מאוסטרובצה ועוד. באחד מן הסיורים בעיר לובלין שם לב ר' מאיר למגרש ריק ברחוב לוברטובסקה 57.
ר' מאיר החליט להגשים את חזונו ולבנות על מגרש זה ישיבה חדשה. כשסיפר את הרעיון לבעל הקרקע ואחד מפרנסי העיר, ר' שמואל אייכנבוים, נענה ר' שמואל ומסר את מגרש הענק במתנה לר' מאיר על מנת שיקים עליו ישיבה, לימים ישיבת חכמי לובלין. 
כבר משחר ילדותו הצטער ר' מאיר על עוני הישיבות ותלמידיהן, הנאלצים לישון על ספסלי העץ של בית המדרש, ללא חימום נאות.
העובדה כי תלמידי הישיבה אינם מקבלים מזון בישיבה, אלא נאלצים להתדפק על דלתות בעלי הבתים בעיר ולבקש לסעוד עימם נראתה בעיניו כחילול השם גדול, מה עוד שבבעלי הבתים העלימו עין מדלותם של תלמידי החכמים והמעיטו תרומותיהם. עובדה זו הייתה הבסיס להקמת ישיבת חכמי לובלין (יח"ל).
אבן הפינה של הישיבה הונחה בל"ג בעומר תרפ"ד (1924) בהשתתפות רבו, האדמו"ר מצ'ורטקוב והאדמו"ר מגור. מיד לאחר מכן יצא ר' יהודה מאיר לארצות הברית וקנדה להתרים כסף עבור הקמת הישיבה. לאחר מסע זה יצא למסע נוסף, הפעם מסע רוחני, שתכליתו ללמוד את סדרי הלימוד בישיבות בפולין וליטא, כדי לגבש תוכנית לימוד המתאימה לישיבה החדשה שתקום. לאחר שבע שנות התרמה ובנייה, התקיימה חנוכת הישיבה.
בכ"ח-כ"ט בסיוון תר"צ, 25-24 ביוני 1930, בהשתתפות כ-20,000 יהודים מכל רחבי פולין ומחוצה לה. עם הקמת הישיבה עבר הרב שפירא ללובלין ונתמנה לרב העיר.

פטירתו :
בז' בחשוון תרצ"ד, 27 באוקטובר 1933, בעודו מנהל משא ומתן עם קהילת לודז' על מעברו לעירם תמורת כיסוי חובות הישיבה, נפטר רבי מאיר ממחלת הטיפוס והוא בן 46 בלבד. לרבי מאיר שפירא ולאשתו לא היו ילדים. הוא היה רגיל לומר שהדף היומי וישיבת חכמי לובלין הם שני הילדים שלו. בית העלמין בו נקבר ר' מאיר חולל ונחרש על ידי הנאצים בסוף מלחמת העולם השנייה, אולם קברו של ר' מאיר לא נפגע ונשאר עומד על תילו. בספטמבר 1958 הועלו עצמותיו על ידי אחיו לקבורה בהר המנוחות בירושלים‏. על שמו נקראת שכונת "זיכרון מאיר" בבני ברק.