לפני כ-10 שנים התאמץ הרב ישראל מאיר גבאי יו"ר האגודה – כדרכו – למצוא את המיקום המדוייק לקברו של המלבי"ם, לאחר מאמצים רבים שעלו בתוהו, פנתה אהלי צדיקים לאחד העיתונים ופרסמה מודעה קצרה בה הם מבקשים עזרה מכל אדם אשר אולי ידע איזה פרט על מקום מנוחת המלבי"ם.

לא עבר זמן רב ואחד מראשי הישיבות הגדולים בירושלים הזמין את הרב ישראל מאיר גבאי אליו לביתו וסיפר לו סיפור מעניין ביותר:
לפני כארבעים שנה בתקופה בה עדיין שלטו הקומניסטים באוקראינה, פעלו כמה מגדולי הרבנים הליטאים להעביר את עצמות גדולי עמנו למנוחתם האחרונה בארץ ישראל, בכדי להצילם מחילול ובזיון, שודאי יהיו מנת חלקם מעבר למסך הברזל, בין אותם גדולים אשר הועברו לארץ ישראל הינו הגאון רבי יוסף יוזל הורוביץ – הסבא מנובהרדוק אשר הועבר להר המנוחות.
לאחר שתדלנות רבה מצד העסקנים הם קבלו אישור מיוחד להעביר אף את עצמות המלבי"ם מבית הקברות היהודי שבקייב, לקבורה בארץ ישראל. הם יצאו לאוקראינה בדרך לא דרך והחלו במלאכת החפירה, לאחר חפירה קצרה, הם נדהמו לגלות כי הקרקע תחת למצבתו הינה קרקע בתולה וסילעית שמועלם לא נקבר בה אדם.
לאחר בירור מקיף נודע כי באותם ימים, עת נפטר המלבי"ם, הרימו צוררי דת ראשם וליגלגו לשומרי התורה ומצוותיה, המלבי"ם נלחם בהם במסירות נפש ממש, ובעקבות כך שנאוהו שנאה מרה. עד כדי כך הגיעו הדברים, שלאחר פטירתו פחדו בני הקהילה בקייב שצוררי הדת יחללו את קברו כדי "לנקום" בו על מלחמתו חסרת הפשרות בהם.
משום כך, קבעו את ציונו במקום אחד בבית הקברות והעמידו עליו מצבה נאה, אולם את גופתו הקדושה קברו במקום אחר בבית הקברות, ועליו לא נכתב מי טמון בו – כך שידוע בוודאי כי המלבי"ם נקבר בבית הקברות המסויים בקייב אך לא נשאר מי שיאמר תחת איזו מצבה או תחת איזה שם.
כך סיפר לרב ישראל מאיר גבאי אותו ראש ישיבה.

כאשר שמע הרב ישראל מאיר גבאי את הסיפור הפסיק בחיפושיו אחר המיקום המדוייק ובמקום זאת בנה מצבה לזכרו בבית הקברות עליה נחרט: "בבית הקברות הזה נטמן רבנו רבי מאיר לייבוש ב"ר יחיאל מיכל המלבי"ם זיע"א" 
לאחרונה, בסיור שגרתי של פעילי האגודה בבתי קברות, ראו הפעילים כי המצבה נהרסה שוב,  וכעת פועלת האגודה להקים מצבה מחודשת במקום.