ב-22 ביוני 1941 תקפה גרמניה את ברית המועצות ועד אוקטובר 1941 נכבשה כמעט כל אוקראינה. יחידות הרצח ההמוני איינזצגרופן C ו-D שנעו עם הצבא הגרמני וכן יחידות אס-דה (שרות הבטחון של האס-אס) רצחו מאות אלפי יהודים ורבבות אזרחים אחרים שנחשדו כי הם קומוניסטים או פקידי השלטון הסובייטי. ברציחות סייעו שוטרים גרמנים ואוקראינים, וכן יחידות צבא גרמניות.
איינזצגרופה C, בפיקודו של הד"ר אוטו ראש, מנתה כ-1,000 איש ונעה באוקראינה מזרחה, עם התקדמות הצבא הגרמני. בשבועות הראשונים רצחו אנשיה בסיוע האוקראינים את הגברים היהודים בעיירות ובכפרים לאורך ציר התקדמות: ובינהם את יהודי אומן.
עם התקרבות קרבות החזית לשערי העיר אומן, ב 10.12.43- , הוציאו הגרמנים להורג את שארית היהודים, חלקם נאנסו לבוא אל מותם מערי הסביבה
ב12 במארס 1944 שוחררה העיר בידי הצבא האדום ומכאן התחיל פרק חדש [ולא קל] בחיי התושבים הנותרים לפליטה.