שפרעם, כיום עיר ערבית נוצרית-מוסלמית-דרוזית, היתה גם בתקופת המשנה והתלמוד עיירה מרכזית באזור הגליל המערבי התחתון. לא נמצאו בתחום העיירה שרידים מובהקים מאותה תקופה, למרות שהעיירה המשיכה להיות מיושבת ברצף ואף גדלה והתפתחה מאד במאה הכ', אך יש להניח ששרידים רבים מתקופת שפרעם התלמודית עדיין טמונים מתחת לשרידים של ימי הביניים המאוחרים שהשתמרו על גבעת היישוב (גבעת המצודה).
השרידים המאוחרים שנמצאו כוללים מצודה גדולה ('סראייה') שנבנתה במאה הי"ח לסה"נ בראש הגבעה, ומבנים נוספים מדרומה. כמו כן ניכרים בסביבת המצודה, באיזור הגרעין הקדום של היישוב, פריטי בניה עתיקים ששולבו במבנים אלה בשימוש משני.
במדרון הצפוני של גבעת המצודה נמצא בית הכנסת של הקהילה היהודית שראשיתו כנראה במאה הי"ז לסה"נ ותיפקד עד לשנת 1920.
400 מטר ממערב לבית הכנסת, על מדרון גבעה – בית העלמין הישן של יהודי שפרעם מימי הביניים. [בהקדמת פאת השולחן ציין המחבר כי קבר בבית קברות זה את אשתו הניה שמתה עליו בדרך]. בית העלמין משתרע על שטח של 120 X 35 מטר בקירוב, ובו עשרות מצבות קבורה מלבניות ללא כתובות.
ממזרח ומדרום-מזרח לגבעת המצודה השתרע בית הקברות הקדום של היישוב מתקופת התלמוד. נראה שחלקו היהודי היה ממזרח לגבעה, שם נמצא ריכוז של מערות הרוסות, עם מקמרים ושקתות קבורה.
מדרום-מזרח לגבעה – ריכוז של חמש מערות קבורה בעלות עיטורים מיוחדים על דפנותיהן: גילופי דגמים מן הצומח, דמויות של בעלי חיים (כולל ציפורים ואריות) ודגמים גיאומטריים. על כמה מן הקברים מתנוססים צלבים, ומכאן שמדובר בקברי נוצרים שחיו בשפרעם בתקופה הביזנטית (מאות ו'-ז' לסה"נ). [לא נראה כי זו קבורה משנית].
צדיקים הטמונים בו:
מיקום וזיהוי הקבר
מאחר ושני הכפרים אושא ושפרעם ידוע מקומם ההיסטורי, וביניהם בתחום שבת [כקילומטר] נמצאת המערה הידועה כיום כמקום קבורתו ונקראת בפי הערבים: מ'עארת בנאת יעקוב או מע'ארת אליהוד. אין ספק שהיא המערה אותה תיארו עולי הרגל. בתוך המערה מצד ימין בנויה מצבה כמין איצטבא, והמסורת מראה שם את קברו של ר' יהודה. אולם בנוסף ישנם עוד חמשה כוכים [לפני שביטנו ויצרו מעין צורת כוכין בולטים] ולא שלשה כנזכר אצל עולה הרגל. בסמוך למערה ישנו ערוץ נחל הנקרא 'ואדי אל-יהוד', שם היו טובלים עולי הרגל טרם כניסתם למערה. המערה שופצה בשנת תשי"ז.
בשנת תרצ"ב מתאר זאב וילנאי כי בפתח המערה בנויה קשת אבנים, ולפי דברי ערביי המקום על הפתח הזה בשנת תרפ"ב עוד היה בנוי חדר קטן על כיפה עגולה, וגם עץ אלון עתיק ימים גדל בצידו. העץ נעקר ע"י הרוח, והבנין נחרב, אולם בעת ביקורו בשנת תרצ"ב שרידי יסודותיו עוד היו ניכרים.
בשפרעם, המזוהה כיום בוודאות בעיירה שפרעם שמצפון לאושא, הקים, כאמור, ר' יהודה בן בבא את בית מדרשו עוד בתקופת יבנה. מכאן יצא למשימה הקדושה של סמיכת חכמים בזמן גזירות השמד, ולכאן עברו מאושא מוסדות ההנהגה היהודית, הסנהדרין והנשיאות, סביב שנת 160 לסה"נ בשלהי דור אושא.
בסוף תקופת הבית השני ובראשית דור יבנה, נזכרת שפרעם גם כמקום פועלו של ר' דוסא בן הרכינס בהקשר למקווה שהיה קיים בין שפרעם לאושא, אך עדיין בתחומה של שפרעם
