בשנת 1879 הקים בה הרב ישראל סלנטר את כולל קובנו, שבו למדו מטובי תלמידיו את שיטתו במוסר, ואחר כך הקימו ברובם ישיבות עצמיות. כולל קובנו נחשב כראשון הכוללים המודרניים. על פי מפקד האוכלוסין הצארי משנת 1897 היו היהודים הקבוצה האתנית הגדולה ביותר בעיר (למעלה מ-35 אחוז מכלל האוכלוסייה). ובשנות העשרים והשלושים נחשב הדוקטור והעסקן הציוני אבא לפין לראש הקהילה בעיר.
בשנת 1939 מנתה האוכלוסייה היהודית בקובנה כארבעים אלף איש, שהיוותה כרבע מהאוכלוסייה הכללית שבעיר. האוכלוסייה היהודית נהנתה מחיי תרבות עשירים ביותר ונודעה הן כמרכז תרבותי יהודי והן כמרכז ציוני חשוב. בעיר פעלו קרוב למאה ארגונים שונים, ארבעים בתי כנסת, בתי ספר רבים ביידיש, ארבעה בתי ספר עבריים (ביניהם הגימנסיה הריאלית העברית בקובנה והגימנסיה העברית ע"ש שוואבה בקובנה), בית חולים יהודי ובתי עסק רבים. לאחר הכיבוש הרוסי ועד לכיבוש הגרמני נסגרו מוסדות תרבות וחינוך יהודיים ורוב הארגונים היהודיים הוצאו אל מחוץ לחוק. בשנת 1940 פעל סגן הקונסול היפני צ'יאונה סוגיהארה בקונסוליה בעיר להנפקת אלפי אשרות יציאה לפליטים יהודים. על מעשהו זה הוענק לו תואר חסיד אומות העולם מטעם יד ושם. שבוע לפני הכיבוש הגרמני ב-14 ביוני 1941, הוגלו כמה אלפי יהודים לסיביר. כמה אלפים נוספים שניסו להימלט מהעיר נרצחו בידי האוכלוסייה המקומית, תוך כדי ניסיונם להימלט עוד בטרם נכבשה העיר בידי הגרמנים. ביום 24 ביוני 1941 נכבשה העיר על ידי הנאצים. אלפי יהודים הועברו מהעיר למקומות כמו "הפורט התשיעי" (חלק משרשרת מצודות מהמאה ה-19 שהגנו על העיר). ההערכה היא שבתקופה שבין החודשים יוני ויולי 1941 נרצחו בסיוע האוכלוסייה המקומית כעשרת אלפים איש ואישה יהודים ובהם רבי אלחנן וסרמן רבי אברהם גרודיזינסקי ורבי יחזקאל ברשטיין. כשהוקם הממשל הצבאי הגרמני בעיר הוציא מושל העיר הנס קרמר שורה של חוקים אנטי יהודיים ובהם העברתם של היהודים לגטו. למעשה היו לגטו שני חלקים : הגטו "הקטן" והגטו "הגדול".
(ויקיפדיה)
באוגוסט 1941 נחנך הגטו והיו בו 29,760 יהודים. בתוך חודשיים וחצי נרצחו בגטו כשלושת אלפים נפש. ב-28 באוקטובר נרצחו 9,000 איש בפורט התשיעי. ב-20 בנובמבר אותה שנה גירשו הנאצים ממינכן 1,000 יהודים (בהם 94 ילדים) תושבי העיר. היהודים נרצחו לאחר חמישה ימים. לאחר מכן הייתה תקופה של "שקט יחסי" שבמהלכה נלקחו כ 6,000 יהודים לעבודות כפייה במתקני הצבא הגרמני שהיו מחוץ לגטו.
צדיקים הטמונים שם:
בית הקברות החדש: (כולל צדיקים שהועברו מהישן)
רבי יצחק אלחנן ספקטור זיע"א
רבי צבי הירש רבינוביץ זיע"א
בעל דבר אברהם זיע"א
רבי אברהם דובער כהנא שפירא זיע"א (נפטר בגטו בזמן השואה ליד מחנה צבאי)
בית הקברות הישן:
רבי חיים טעלעזר (יש הר ירוק)
רבי יצחק אלחנן (סמוך לגן חיות)
סלבודקה:
קבר כל הרוגי הגטו ובתוכם
רבי אברהם גרוז'ינסקי הי"ד
רבי דוד שפירא סבו של רבי שמואל שפירא וסביו רב לייבר קובנר.
פורט 4 :
קבר אחים של 500 יהודים הי"ד
פורט 9 קבר אחים 100,000 יהודים הי"ד
המפה – קבר רבי אלחנן וסרמן.
בית הקברות החדש: קבורים בו צדיקים רבים שהועברו מהישן https://www.google.com/maps/place/54%C2%B054'37.5%22N+23%C2%B052'20.1%22E/@54.9104184,23.872261,15z/data=!3m1!4b1!4m2!3m1!1s0x0:0x0
בית הקברות הישן : ר' חיים טעלזר ועוד צדיקים. https://www.google.com/maps/place/54%C2%B054'27.8%22N+23%C2%B056'34.0%22E/@54.9077295,23.942771,15z/data=!3m1!4b1!4m2!3m1!1s0x0:0x0
פורט 4 : קבר אחים מתקופת השואה https://www.google.com/maps/place/54%C2%B051'03.8%22N+23%C2%B057'14.6%22E/@54.8510675,23.954058,15z/data=!3m1!4b1!4m2!3m1!1s0x0:0x0
פורט 7: רבי אלחנן ווסרמן ותלמידיו מספר טלפון של השומר – +370 (655) 66 550 https://www.google.com/maps/place/54%C2%B054'57.8%22N+23%C2%B055'47.9%22E/@54.9160674,23.929982,15z/data=!3m1!4b1!4m2!3m1!1s0x0:0x0
פורט 9 : קבר אחים 80 אלף יהודים https://www.google.com/maps/place/54%C2%B056'35.9%22N+23%C2%B052'08.9%22E/@54.9433155,23.869128,15z/data=!3m1!4b1!4m2!3m1!1s0x0:0x0
גטו קובנה : אנדרטה https://www.google.com/maps/place/54%C2%B054'23.2%22N+23%C2%B053'21.8%22E/@54.9064465,23.889384,15z/data=!3m1!4b1!4m2!3m1!1s0x0:0x0
בית הכנסת גדול ומרשים בקובנה : https://www.google.com/maps/place/54%C2%B053'55.0%22N+23%C2%B054'13.4%22E/@54.8985995,23.903718,15z/data=!3m1!4b1!4m2!3m1!1s0x0:0x0
באוגוסט 1941 נחנך הגטו והיו בו 29,760 יהודים. בתוך חודשיים וחצי נרצחו בגטו כשלושת אלפים נפש. ב-28 באוקטובר נרצחו 9,000 איש בפורט התשיעי. ב-20 בנובמבר אותה שנה גירשו הנאצים ממינכן 1,000 יהודים (בהם 94 ילדים) תושבי העיר. היהודים נרצחו לאחר חמישה ימים. לאחר מכן הייתה תקופה של "שקט יחסי" שבמהלכה נלקחו כ 6,000 יהודים לעבודות כפייה במתקני הצבא הגרמני שהיו מחוץ לגטו.