גבעת המצודה – תל קדום: גבעת המצודה, בפסגת הר צפת, נבחרה על ידי הצלבנים בשנת 1240 לסה"נ לבניית מבצר גדול מימדים לשם הגנה מפני איומי השלטון האיובי בסוריה שממזרח, שנבנה על שרידי מבצר קדום יותר. בשנת 1266 לסה"נ כבש אותו הסולטן הממלוכי ביברס, והחל לבנות על גבי חורבותיו מבצר חדש. באתר נערכו חפירות ארכיאולוגיות אשר חשפו שרידים מרשימים מן המבצר הצלבני ומן המבצר הממלוכי. שרידי המבצר הצלבני כוללים בור מים מן הגדולים בארץ ישראל, חרכי ירי ומתקן שירותים משוכלל. שרידי המבצר הממלוכי כוללים את שער המבצר ומגדל עגול גדול, שעמדו כאן במאה הי"ג לסה"נ. בשנים האחרונות התברר שגבעת המצודה היא למעשה תל קדום, בדומה לתלים החשובים האחרים של הגליל העליון ההררי, כגון גוש חלב וסאסא. מן החרסים והמטבעות הנחשפים במקומות שונים במורדות הגבעה, עולה, כאמור, כי הגבעה יושבה כנראה ברצף החל מתקופת האבות[1] וכמעט עד לימינו.
נראה שהצלבנים הרסו שרידים קדומים רבים בזמן הקמת המבצר שלהם בשנת 1240 לסה"נ. עדות נוספת לקדמותה של צפת עלתה ממערות קבורה שנחפרו במורד הר כנען, במרחק של כ-500 מטר ממזרח לגבעת המצודה (כיום ליד בית הספר המקיף הדתי של צפת), בהן נתגלה ממצא עשיר – כולל כלי נשק מברונזה, כלי חרס שלמים ואף 'חרפושית' מצרית – מתקופת האבות. באזור זה נתגלה באקראי, על ידי הנער הצפתי צחי מזוז, החפץ הקדום ביותר בצפת: ראש רומח מתקופת הברונזה התיכונה 1 (בערך 2,200 לפסה"נ), כלי נשק כנעני בעל איכות גבוהה.
הרובע היהודי: בתקופה הממלוכית, לכל המאוחר, החלה העיר להתפשט ולהתרחב אל מחוץ לגבולות פסגת הגבעה של צפת, ויש להניח שאז גם החלו יהודים להתיישב במורד המערבי של הגבעה, בשטח המכונה כיום 'הרובע היהודי'. ברובע זה נערכו רק מעט חפירות ארכיאולוגיות, אך השתמרו בו מבנים ישנים רבים בני מאה וחמישים שנה ויותר, ומרתפים וחללים תת-קרקעיים שזמנם, כנראה, מלפני הרעש הגדול שהיה בכ"ד טבת תקצ"ז (1837), או אף שני הרעשים בשנת תק"כ (ט' חשון, ו' כסליו).
בתי הכנסת העתיקים של הרובע, ובמיוחד בתי הכנסת על שם האר"י[2], ר' יוסי בנאה/הבנאי, ר' יצחק אבוהב[3], ר' משה אלשיך ור' יוסף קארו – הם עתיקים ביסודותיהם ובני מאות שנים, וחלקם[4] אולי אף קודמים למאה הט"ז. בבתי כנסת אלה מתקיימת תפילה כמעט רצופה זה מאות בשנים, יותר מבכל ישוב אחר בארץ ישראל. כיוונם של בתי הכנסת[5] וסגנונם מיוחדים הם לצפת, למרות שלכל אחד מאפיינים יחודיים[6], והם נמנים עם בתי הכנסת המפורסמים בעולם היהודי כולו. נוספו לאלה בתי הכנסת החסידיים הרבים שנבנו בסוף המאה הי"ח ובמאה הי"ט – עם התגברות העלייה החסידית לצפת ויצירת הרובע האשכנזי בחלק העליון של הרובע היהודי.
באזור בית הכנסת של חסידי צאנז, ברחוב ע"ש מנחם מזרחי, ניתן להבחין בשרידי בניה עתיקים החשופים על פני הקרקע, כגון קמרונות וקיר איתן הבנוי מאבני גזית[7]. אלה הם כנראה שרידי מבנה מסחרי מהמאה הט"ז לסה"נ, שכונה במקורות היהודיים 'חאן אל-פאשה' או 'חאן היהודים', ומוזכר בספר החזיונות של ר' חיים ויטאל ובמקורות נוספים. בנין זה היה ייחודי ליישוב היהודי בארץ ישראל, וניתן לכנות אותו בתואר 'הקניון היהודי הראשון בארץ ישראל'. בכל יתר הרובע היהודי, בחלק הספרדי הנמוך והעתיק יותר ובחלק האשכנזי העליון והחדש יותר, מחכים לחשיפה מרתפים וחללים תת-קרקעיים עתיקים שנקברו וכוסו במהלך השנים, חלקם בודאי בזמן הרעש הגדול של שנת תקצ"ז (1837). מערכה של חללים תת-קרקעיים, שטרם תוארכה, נחשפה בשנת 2004 מתחת למתחם 'לבנות ולהבנות', מדרום לבית הכנסת 'קוסוב'.
ישנה מסורת בפי יהודי צפת כי ביתו של האר"י ז"ל נמצא בשכונת ברסלב ליד שטח בית הקברות [גוש 13056 חלקות 176-182], אולם למסורת זו אין סימוכין קדומים. הבית נהרס בשנת תשס"ח.
כמו"כ מצבתו של יוסף דילה ריינה שחי לפני כ-400 שנה ויצא עם תלמידיו להביא את הגאולה לעם ישראל, לדעת תושבי צפת עמדה עוד בשנת תשי"ב ברחבה קטנה שמול בית מדרשו של הבית יוסף, בכניסה לרובע הספרדי העתיק.
בחלק התחתון של צפת, עומד בנין 'זאוויית בנאת חמיד', זהו בית ממלוכי שנבנה עבור קבר האמיר מוט'פר א-דין מוסא בן חאג' ארוקטאי, נציב בצפת בשנת 774 לסה"נ. הוא נחלק לשלשה חלקים, ובתוכו שלשה קברים, האחד מהם של מוסא הנ"ל. מדרום וסמוך לבית זה נמצא 'אל-ג'אמע אל-אחמר', בנוי אבני גזית גדולות. לפי הכתובות מעל המחראב בפנים ומעל לשער הכניסה בחוץ גם הוא בית ממלוכי.
בבית העלמין היהודי העתיק של צפת ששטחו מעל 100 דונם קיימות עדויות לקבורה החל מן המאה הט"ו לסה"נ (כמאה שנה לפני האר"י). הכתובת השלמה ביותר מתקופת הזוהר של צפת נמצאה גם היא בבית העלמין, מדרום לקבר ר' יוסף קארו. הכתובת חרותה על מצבת הקבורה של 'מאיר באנבנשת' משנת ה"א שי"ג (1553 לסה"נ), וזה לשונה: "לפני עליון כיום יאיר, אם גוף נטמן תוך גוש עפר, במרום שחק נפשו ישאיר, יזהיר זוהר הרקיע, תוך גן עדן מזהיר מאיר, ראש יחס שבטי ישראל, בן באנשת ושמו מאיר, רודף צדקה וחסד הגביר אדון מאיר באנבנשת זלה"ה, יום ו', ח' לאלול ה' שי"ג".
בשנת 1956, בעת חפירת יסודות לבנין של עמידר, בין המצודה לבין מערת שם ועבר, נתגלתה מערה עתיקה עם כוכים ושרידי אבנים. בשנת 1960 נמצאה מערת קבורה נוספת במרחק 8 מטר מהמערה הראשונה. יש לציין כי מנחם מנדל מקמניץ כתב כי קרוב לבית מדרש שם ועבר יש בנין חרב הנקרא מרחץ יעקב והוא חרב. בשערי ירושלים כתב כי למזרח ההר בנין ישן קבר יוסף דילהריינה ולמטה משם מרחץ ישן בעומק הארץ נבנה מאבני שיש נאים ואבני גזית מרחץ יעקב. בנימין השני מוסיף כי לפאת דרומית מערבית למצודה נמצאת מערה הנקראת בני יעקב ומעיין מים בתוכה, וכי בסביבות המקום הזה נמצאו כמה קברי בעלי התלמוד. [לברר בנאת חמיד-עין ג'אמי] שטפן שולץ מעיד בשנת 1754 כי מהמבצר נראה עמק ובו אגם קטן ולידו הריסות בניינים, לאלה קוראים מרחץ יהודית. לדייק בלשון רח"ו אוולד יעקב
מתחת לאולמי ענבר, בעת חפירת היסודות נמצאה מערת קבורה. כמו"כ באזור ואדי חמרה נתגלו מספר מערות קבורה.
צדיקים הטמונים בו:
מערת שם ועבר
שם בן נח
רבי דוסא בן הרכינס
רבי הרכינס
רבי נחמיה
רבי שמעון בן עזאי
רבי חנינא בן חכינאי
(רבי אליעזר בן הורקנוס)[8]
(רבי חנינא בן דוסא)[9]
(רבי יוסי בן זמרא)[10]
בירידה לבית הקברות
רבי יוסף בנאה
חנה ושבעת בניה
בבית הקברות של צפת
הנביא הושע בן בארי
הנביא בארי – אבי הושע
רבי יהושע בן חנניה
הרוגי בית דין
רבינו בחיי בר יוסף אבן פקודה – בעל 'חובות הלבבות'
ר' שמעון בן חלפתא
רבי חנינא בן הרכינס
רב סעדיה גאון
ינוקא (ואמו וצאצאיו)
רבי פנחס בן יאיר (ואביו)
האר"י הקדוש זיע"א
רבי שלמה אלקבץ זיע"א
רבי יוסף קארו זיע"א
רבי דוד שלמה איבשיץ זיע"א
(רב המנונא סבא)[11]
(רבי אלעזר בן ערך)[12]
(רבי יוסי בן יעקב)[13]
(אסתר המלכה)[14]
(רבי יהודה בר אלעאי)[15]
(רבי יהודה הלוי)[16]
בתוך העיר [קבוצה א']
בנימין הצדיק
נחום איש גמזו
בתוך העיר [קבוצה ב']
רבי בנימין בר יפת
אנטיגנוס איש סוכו
נתן דצוציתא
בירידה לנחל עמוד ונחל שכוי ובדרך צפת מירון
יהוידע הכהן
עדינו העצני
רבי חוצפית המתורגמן
רבי אבא מהזוהר
רבי יצחק מהזוהר
רבי נחוניא בן הקנה
רבי נתן הבבלי
נחל עמוד
בריה דרב ספרא
רבי יוסי בן יועזר איש צרידא
רבי יוסי בן משולם
רבי יוסי בן יוחנן
רבי חייא מהזוהר – אידרא רבה
צפונה מצפת בדרך לעין זיתים
רבי אילא
אמו של ר' כרוספדאי
שמה של העיר צפת שבגליל העליון נזכר לראשונה אצל יוסף בן מתתיהו בספרו 'מלחמת היהודים', שם מופיעה 'ספף' ברשימת הערים שבוצרו בסוף תקופת הבית השני לקראת המרד נגד הרומאים בשנת 66 לסה"נ. מקומה של צפת ברשימה זו, בין 'סלע עכברה' לבין 'ימנית' (יבנית), מתאים למיקומה הנוכחי של צפת. אמנם למעשה, צפת מיושבת הרבה לפני זמנו של יוסף בן מתתיהו – זה 4000 שנה ברצף, החל מתקופת האבות (התקופה הכנענית, תקופת הברונזה התיכונה) ועד ימינו. הגרעין הקדום של העיר היה בראש גבעת המצודה, ולפני כ-750 שנה החלה העיר להתפשט לכיוון מערב – לעבר מורדות הגבעה (הרובע היהודי), ולכיוון מזרח ודרום (הרובעים הערביים) .
הצג את קברי צדיקים בגליל במפה גדולה יותר