במשך כל השנים הללו, סבלו היהודים רבות משכניהם הנוצרים, הואשמו בעלילות דם, ופעמים גם הותקפו . הגדול שבהם אירע בשנת תק"ו בו תקפו את בתיהיהודים כולל ביתו של רב העיר,  הרסו את בית הכנסת וקרעו 22 גווילים מספר התורה רח"ל . בשנים הבאות  נבנו בעיר מספר מבנים חשובים, ביניהם ישיבה , היכל מיוחד ללימוד התורה, שתי בתי מדרשות וקלויז ,על פי ההערכות בשנת ת"י גרו  בעיר כ-900 יהודים.

גדולי העולם שישבו על כס הרבנות בעיר המפוארת:
הראשון הידוע כרב, או לפחות כריש מתיבתא של העיר הוא – רבי שלמה לוריא בעל המהרש"ל שעמד בראש הישיבה דשם ובין תלמידיו מאותו תקופה ניתן למצוא את המהר"ל מפראג, שגם התחתן בעיר הזאת. והרב רבי משה מת, ב"ר אברהם  מחבר ספר מטה משה, שאף הוא כיהן כאב"ד העיר אחרי עזיבת המהרש"ל.
רבי יהושע בעל "מגיני שלמה" ושו"ת "פני יהושע" תלמיד ה"מהר"ם מלובלין" ו"הסמ"ע" היה ראש מתיבתא בקראקא בזמן שה"תוי"ט" כיהן רב בקראקא. בצעירותו כיהן כרב העיר פשעמישל. הבא אחריו היה חתנו רבי יצחק אייזיק.
רבי יצחק שמעלקיס – מחבר השו"ת הנודע "בית יצחק",ומי שהיה אח"כ אב"ד לבוב . גאון עולם ומגדולי פוסקי דורו רבו המובהק היה רבי יעקב משולם אורנשטיין ראב"ד לבוב בעל שו"ת "ישועות יעקב".בשנת תר"ל כשעיטרוהו בכתר הרבנות בעיר, כבר היה שמו נודע בארץ כאחד מגאוני תבל ומכל קצוות הארץ הריצו אליו שו"ת. כיהן קרוב ל25 שנה, ובשנת תרנ"ד קיבלוהו לרב בעיר מולדתו לבוב,ובמקומו  נבחר בן אחיו רבי גדליה שמלקיס לרב אב

דרכי הגעה: כשעה  דרומה מליזנסק, וכשעה וחצי מערבה מלבוב , מעבר לגבול האוקראיני

כתובת ביה"ק החדש: Juliusza S?owackiego 99 ליד ביה"ק העירוני

כתובת ביה"ק הישן:  Rakoczego 5-11 קורדינציה: 49.779539,22.775987

ביה"ק זה היה בין הרחובות Rakoczego ל- WANDY , כיום לא נותר כלום מלבד השער.

בשנת ה'תש"צ כבר היו בעיר יהודים,זה כנראה המועד המוקדם ביותר שיש עליו עדות על יהודים בפולין, העדות הראשונה בעיר על בית כנסת הוא משנת רע"ח ועל מקוה משנת רצ"ט