קבר ר' יונתן בן עוזיאל: קברו מצוי על צלע ההר אשר ממערב לכפר, והקברים המוסלמיים שסביבו מעידים על כך שהקבר היה נערץ גם על ידי תושבי הכפר המוסלמיים, עובדה שצויינה גם על ידי עולי הרגל היהודים.
הקבר מוזכר במקורות היהודיים החל מן המאה הי"א לספירה (במגילת אביתר בן ר' אליהו הכהן גאון, על שמו נקרא ההר הנישא מצפון – הר אביתר), ומאז הוא מופיע תכופות כאחד מאתרי העלייה לרגל החשובים בגליל. מכתב יד מן הגניזה הקהירית, המכיל רשימת קברי צדיקים מן המאה הי"ד לסה"נ שנתפרסם על ידי צ. אילן [כת"י אילן א'], נודע לנו לראשונה על שיפוץ ציון הקבר על ידי הרב ר' שם טוב אבן גאון הספרדי, אחד ממקובלי צפת הראשונים[1], מחבר הספרים 'כתר שם טוב' ו'בדי הארון ומגדל חננאל'. בכתב יד זה נמצא: "בעמוקה ר' יונתן בן עוזיאל בעל התרגום הירושלמי, וכל עוף שהיה פורח עליו נשרף, ועליו ציון יפה עד מאד אבני גזית, והוא בנין חדש, נתעסק בבנינו ונשתדל הרב ר' שם טוב גאון זלה"ה הספרדי ממדינת שוריה [בספרד], עם הלועזים [= יהודים איטלקים] הנכבדים שהיו מצויים בעיר צפת באותו הזמן, כי היו שם מגדולי ברצלונה ומאנשי ספרד ומצרפת ואשכנז וריפת [= ברטוניה שבצרפת], ובעוונות נשארו עתה מעט מהרבה". זהו התיעוד הקדום ביותר הקיים המפרט שיפוץ קבר צדיק, ונודעת לו חשיבות יתרה גם בגלל המידע על אוכלוסיית צפת היהודית באותה תקופה תחת השלטון הממלוכי.
בשנת 1979, בזמן בניית רחבה חדשה מסביב לציון, נחשף בחלקו ארון הקבורה העתיק שמתחת למצבת הקבר. הארון הינו סרקופאג מעובד מאבן גיר, והוא מכוסה באבן גיר נוספת. ממה שניתן היה לראות, הוא עשוי בצורה פשוטה, ללא עיטורים, אם כי לא כל הארון נחשף.
צדיקים הטמונים בו:
רבי יונתן בן עוזיאל
מוקרט
נוסעים בכביש 8900 לצומת הכניסה לצפת. בצומת פונים פונים צפונה (שמאלה לבאים ממירון). לאחר כ-1 ק"מ מגיעים לכיכר, בכביש השלישי שבכיכר פונים ימינה וממשיכים כ-720 מטר ופונים ימינה. לאחר כ-2.4 ק"מ (לפני הכניסה למושב עמוקה) פונים שמאלה. לאחר כ-3.2 ק"מ מגיעים לכביש הנכנס ימינה למגרשי החניה שליד ציון רבי יונתן בן עוזיאל.
שמו של היישוב עמוקה קשור כנראה למיקומו הטופוגרפי