ההערכה היא שהקהילה היהודית הראשונה בסלובקיה נוסדה בניטרה, אשר קהילתה היהודית מוזכרת בכתובים כבר בשנת 1113. רבי יצחק בן משה מווינה מזכיר גם הוא את קהילת ניטרה‏.
עד לשואה הייתה בניטרה קהילה דתית וישיבה בראשות הרב שמואל דוד אונגר וחתנו הרב מיכאל דב וייסמנדל אליה הגיעו תלמידים מכל רחבי אירופה. הישיבה התייחדה בכך שלמדו בה גם ספרי מוסר והתקיימו בה מבחנים שבועיים בגמרא ובחומש עם פירוש רש"י. בתקופת השואה עסקו ראשי הישיבה בנסיונות להציל יהודים. רוב יהודי ניטרה הושמדו בשואה ומעט מן הניצולים שבו לעיר.
בשנת 1940, בטרם הוחל בהשמדת יהודי סלובקיה, מנתה קהילת יהודי ניטרה 4,358 נפש, אשר היוו 19.2% מאוכלוסיית העיר. בשנת 1948 נותרו בעיר 610 יהודים בלבד‏‏‏ . בשיא פריחתה הפעילה קהילת יהודי ניטרה, האורתודוקסית והנאולוגית, מוסדות קהילתיים מגוונים ובהם בתי כנסת, מקווה טהרה, בית תמחוי, בית אבות, בית חולים יהודי ובית הארחה יהודי. יהודי העיר אף היו פעילים בשלטון המקומי ובשנות ה-20 השתתפו יהודים, נציגי הסיעה היהודית, במועצת העיר ובמועצת המחוז.
בשנות ה-20 הייתה ליהודי העיר השפעה מכרעת על כלכלת העיר. מתוך 605 בתי עסק אשר פעלו בעיר ברישיון בשנת 1921, 458 היו בבעלות יהודית. יהודי ניטרה אף בלטו בנוכחותם בין בעלי המקצועות החופשיים: 19 מתוך 29 רופאים שפעלו בעיר, 18 מתוך 31 עורכי דין, 3 מתוך 6 וטרינרים. בית הכנסת הנאולוגי בניטרה, שנבנה בשנים 1908-1911, הוא אחד מאתרי נתיב המורשת היהודית בסלובקיה. בבית הכנסת מוצגות באורח קבע תצוגה על יהודי סלובקיה בשואה ותערוכה מציוריו של הצייר שרגא ווייל יליד העיר ניטרה.