מכיוון שהכפר הערבי בנוי היום על גבי האתר הקדום, ולא נערכו בו חפירות ארכיאולוגיות, ידוע רק מעט מאוד על אופיו של היישוב התלמודי הקדום. אך אין ספק שהיישוב העתיק התרכז בגרעין הקדום של הכפר, שם ניכרים שרידי בניה עתיקה ופריטי אבן עתיקים המשולבים בין הבתים הישנים של הכפר.
רמז לבית כנסת עתיק ששרידיו נראו עוד בתקופת הגאונים נמצא, כאמור, ב'רשימת כנסיות אליהו' בכתב יד פרמא מהגניזה הקהירית, אך מקומו של המבנה טרם אותר.
החוקר הצרפתי ויקטור גרן ביקר בכפר בשנת 1875 לסה"נ, והוא מציין שברי עמודים ושלושה סרקופאגים שהיו מונחים ליד באר הכפר[1], אחד הסרקופאגים היה מעוטר בכפתורים ובזרים. י. ברסלבסקי מציין גם הוא "באר עמוקה… מעל לבאר בנין מרובע, והוא בנין אבנים גדולות ומסותתות. בנדבכו העליון סרקופאג הפוך וכיסויו בצדו, ואילו לפני הבנין שלושה סרקופאגים שלמים, המשמשים שקתות לצאן" [ברסלבסקי תשט"ז, עמ' 102]. הסרקופאגים שהיו ליד הבאר כוסו בבניה חדשה בשנות השמונים של המאה הכ', ויתכן אף שחלקם נשדדו. בשנות השישים של המאה הכ', בעת ניקוי הבאר, נתגלה בתוכה מצבור גדול של כדי חרס שתוארך למאות י"ד-ט"ו לסה"נ (התקופה הממלוכית)[2]. שרידי בניה נוספים מתקופה זו נתגלו בכפר בסוף שנות התשעים[3].
על ראש הר דידבה שמצפון לכפר מערת כוכים הנקראת שועיב, אולי בגלל בנאת שועיב שבכפר.
 
 
קברי הצדיקים באתר
 
רבי יששכר דכפר מנדי
רבן שמעון בן גמליאל (השני)

נוסעים בכביש 79 עד לצומת המוביל, שם פונים [שמאלה לבאים מהדרום] לכיוון צומת סומך. לאחר כ-400 מטר פונים ימינה לכביש 784. לאחר כ-5.8 ק"מ פונים ימינה בכיכר לכפר מנדא. נוסעים בכביש הראשי כ-1.1 ק"מ עד לכיכר שם יש באר עתיקה –

על קיומה של קהילה יהודית בכפר מנדה בימי הביניים אנו יודעים מן הגניזה הקהירית, שנתגלתה בה תעודה משנת 1065 לסה"נ, ובה מוזכר אברהם בן דוד אלכפרמנדי מכפר זה. לא ידוע מתי פסק היישוב היהודי במקום, אך במשך מאות בשנים הזכירו נוסעים יהודיים שעברו בכפר את קברי הצדיקים הבאים: עקביא בן מהללאל – החל מן המאה הי"ג לסה"נ, לכל הפחות; רבן גמליאל – הנזכר בהקשר ליישוב זה כבר בתקופת הגאונים, ראה להלן; ר' יששכר דכפר מנדי – החל מן המאה הט"ז לסה"נ; לעיתים נזכר גם רבן שמעון בן גמליאל.