בשנת 1881 התחוללו פרעות כנגד היהודים, אך הקצבים היהודים התארגנו להגנה והסגירו את הפורעים למשטרה. בשנת 1897 נמנו בווילנה 63,891 יהודים, כ 42% מתושבי העיר. בשל הצפיפות החלה מתגברת ההגירה מווילנה.

לקראת סוף המאה ה-19 התגברו בווילנה הזרמים הסוציאליסטיים היהודים, ונוסדה בה בשנת 1897 מפלגת הבונד, שווילנה הייתה למרכז פעולתה. גם הציונים קבעו את מרכזם בה, "חובבי ציון" נועדו בה, והמשרד הראשי של הארגון הציוני ברוסיה שכן בה עד 1911.שמריהו לוין נבחר כנציג וילנה ב"דומה" (הפרלמנט) הרוסי והרצל ביקר בה ב-1903 וזכה לקבלת פנים חמה.

בתקופת מלחמת העולם הראשונה ולאחריה סבלו היהודים בווילנה מהכיבוש הגרמני שחוקק חוקים מגבילים ליהודים, ומהמאבק בין הפולנים לליטאים על השליטה בעיר שגרם למהומות, בהן נהרגו 80 יהודים באפריל 1919 על ידי יחידות צבא פולניות. למרות הקשיים, פרחה וילנה כמרכז תרבותי יהודי ונוסדה בה רשת בתי ספר ששפת הלימוד בהם הייתה עברית, ומכון מחקר לשפת היידיש ותרבותה.

באוקטובר 1939, מעט אחרי פרוץ מלחמת העולם השנייה, פלשה ברית המועצות לווילנה ומסרה אותה לליטא. יהודים רבים הגיעו אליה כפליטים מפולין המחולקת. ביוני 1940 סופחה ליטא כולה לברית המועצות וכתוצאה מכך נסגרו מוסדות ציוניים ויהודיים רבים, תוך הגליה של ציונים, בונדיסטים ויהודים אחרים שלא נשאו חן בעיני הקומוניסטים אל מחנות מעצר בברית המועצות. בתקופה זאת הצליחו אלפי יהודים, בהם זרח ורהפטיג ותלמידי ישיבת מיר, לברוח מליטא אל המזרח הרחוק.

ב-24 ביוני 1941 נכבשה וילנה בידי הגרמנים, שהתקבלו בשמחה מצד הליטאים. יהודי וילנה, שמנו כ-80,000 איש, החלו סובלים מיד מידם. עוד בטרם רוכזו היהודים בגטו וילנה, נרצחו כ 35,000 מהם בפונאר. בינואר 1942 התאחדו היהודים הנותרים והקימו את "הארגון הפרטיזני המאוחד" (FPO) שפיקדו עליו אבא קובנר, יוסף גלזמן ויצחק ויטנברג על מנת להלחם בגרמנים בגטו. הארגון הצליח להשיג תחמושת, להוציא עיתון מחתרתי ולבצע מעשי חבלה, אך ב-5 ביולי 1943 נתפס ויטנברג בידי הנאצים. הפרטיזנים הצליחו לשחררו, אך הגרמנים הציבו אולטימטום להסגרתו, פן יחוסל הגטו כולו. ויטנברג הסגיר עצמו ונרצח במקום ואנשי הארגון החליטו להמלט ליערות.

הנאצים החלו בחיסול הגטו ב-1 בספטמבר 1943. ראש היודנראט, יעקב גנס, הפציר בהם לעזוב ואכן כך היה. 15 ימים לאחר מכן הוא נרצח בידי הגסטפו לאחר שהואשם בסיוע ל-FPO. ה-FPO קרא בגלוי ליהודים להתקומם ולהתנגד לגירוש. באותה עת נותרו כ-12,000 יהודים בגטו. 3,700 יהודים גורשו בתחילת ספטמבר למחנות עבודה באסטוניה וכ-4,000, לסוביבור. ב-15 בחודש הוקף הגטו שוב וב-23 צוו היהודים להתכונן לגירוש האחרון. בסך הכול נספו כ-100,000 יהודים בגטו וילנה בתקופת השואה.
(ויקיפדיה)

צדיקים הטמונים שם:
 

זוהי רשימה חלקית של הצדיקים הטמונים שם. הבאנו הבולטים שבהם*
 

בית הכנסת הגר"א :  
מקום השגרירות האוסטרית כיום.

בית הקברות הישן : אצטדיון
VESOLISKA RAYON AZALINA UL.

בית קברות נוסף :
UL. HOLANDO   
 

וילנה נוסדה בשנת 1321 על ידי גדימינאס, דוכס גדול של ליטא. וילנה הייתה בירת הדוכסות הגדולה של ליטא עד שנת 1388 ומימי קאזימירז' הרביעי (1447 – 1492) והקמת האיחוד הפולני ליטאי הפכה מרכז לתרבות הפולנית. החל במאה ה-15 היה בעיר רוב פולני, כאשר לקראת סוף המאה ה-19 גבר משקלם של היהודים והם הפכו לתקופה קצרה (עד גל ההגירה הגדול לארצות הברית) לקבוצה האתנית הגדולה בעיר.